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Text File  |  1995-03-04  |  3.0 KB  |  59 lines
  1. ************************
  2. * MIP family signature *
  3. ************************
  4.  
  5. Recently the sequence  of a number of  different proteins, that all seem to be
  6. transmembrane channel proteins, has been found to be  highly related [1 to 4].
  7. These proteins are listed below.
  8.  
  9.  - Mammalian major intrinsic protein (MIP). MIP is the major component of lens
  10.    fiber gap junctions.  Gap junctions  mediate  direct  exchange  of ions and
  11.    small molecule from one cell to another.
  12.  - Mammalian  aquaporins  [5].  These  proteins  form  water-specific channels
  13.    that provide the  plasma  membranes  of  red  cells and kidney proximal and
  14.    collecting tubules  with  high  permeability  to  water, thereby permitting
  15.    water to move in the direction of an osmotic gradient.
  16.  - Soybean nodulin-26, a major component of the peribacteroid membrane induced
  17.    during nodulation in legume roots after Rhizobium infection.
  18.  - Plants tonoplast intrinsic proteins (TIP). There  are  various  isoforms of
  19.    TIP: alpha (seed), gamma, Rt (root), and Wsi (water-stress induced).  These
  20.    proteins may  allow the diffusion of  amino acids and/or peptides  from the
  21.    tonoplast interior to the cytoplasm.
  22.    abundantly in the protein storage vacuolar membranes of higher plant seeds.
  23.  - Bacterial glycerol facilitator protein (gene glpF), which  facilitates  the
  24.    movement of glycerol across the cytoplasmic membrane.
  25.  - Drosophila neurogenic protein  'big brain' (bib).  This protein may mediate
  26.    intercellular communication; it  may functions by allowing the transport of
  27.    certain molecules(s) and thereby sending a signal for an  exodermal cell to
  28.    become an epidermoblast instead of a neuroblast.
  29.  - Yeast FPS1 protein, whose function is not yet known.
  30.  - A hypothetical protein from the pepX region of lactococcus lactis.
  31.  
  32. The MIP family proteins seem to  contain six transmembrane segments.  Computer
  33. analysis shows that these  protein  probably  arose  by  a  tandem, intragenic
  34. duplication event from an ancestral protein that contained three transmembrane
  35. segments.  As a signature pattern we selected a well conserved region which is
  36. located  in  a  probable  cytoplasmic  loop   between   the second  and  third
  37. transmembrane regions.
  38.  
  39. -Consensus pattern: [HQ]-x-N-P-[STA]-[LIVMF]-[ST]-[LIVMF]-[AG]
  40. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  42.  
  43. -Expert(s) to contact by email: Reizer J.
  44.                                 jreizer@ucsd.edu
  45.  
  46. -Last update: June 1994 / Text revised.
  47.  
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